IBS, choroba Crohna, wrzody i refluks
Choroby górnego i dolnego odcinka pokarmowego są istotnym przeciwwskazaniem do raczenia się naparem z ziaren kawy. Może on podrażniać błonę śluzową żołądka i jelit. Kofeina wzmaga produkcję kwasu solnego, co wiąże się z nasileniem choroby refluksowej.